Der in Kassel geborene Tenor absolvierte während der Schulzeit verschiedene Workshops der Jugendakademie für Darstellende Künste und erhielt Gesangsunterricht bei Lars Rühl und später bei Jürgen Appel. Im Extra Chor des Staatstheaters Kassel sammelte er erste Bühnenerfahrungen und wurde 2010 Jungstudent an der Musikakademie Kassel.
Sein Gesangstudium im Bachelor nahm er 2013 bei Prof. Christian Elsner an der Hochschule für Musik Würzburg auf. Im Laufe dieses Studiums sammelte der junge Sänger wichtige Impulse in der Liedklasse von Prof. Gerold Huber, besuchte Meisterkurse von Prof. Kelly-Moog sowie Prof. Ingeborg Hallstein und war Stipendiat des Richard-Wagner-Verbandes Würzburg. Nach erfolgtem Bachelorabschluss im Sommer 2017 wechselte er an die Hochschule für Musik in Karlsruhe und begann dort bei Prof. Christian Elsner ein Masterstudium im Fachbereich Gesang, welches er im Sommer 2020 mit Auszeichnung abschloss. Im Laufe dieses Studiums besuchte er die Liedklasse von Prof. Hartmut Höll und Mitsuko Shirai und wurde 2018 Stipendiat der Riemschneider Stiftung.
Seit der Spielzeit 2020/21 gehört Merlin Wagner zum Ensemble des Badischen Staatstheaters, wo er unter anderem als Spoletta (Tosca), Saint Brioche (Die Lustige Witwe), Zsupan (Gräfin Mariza), Monostatos (Die Zauberflöte), aber auch als Steuermann (Der fliegende Holländer) zu hören und erleben war. Außerdem trat er im Rahmen der Händelfestspiele in Karlsruhe zusammen mit den Deutschen Händel-Solisten auf. Darüber hinaus führte ihn ein Gastspiel in der Rolle des St. Brioche an das Staatstheater Wiesbaden.
Ferner wurde der junge Tenor im Juni 2023 mit dem Goldenen Fächer als Publikumspreis der Kunst- und Theatergemeinde Karlsruhe ausgezeichnet.